Что творят питомцы в тайне от своих хозяев? Отвечать на данный вопрос продолжает «Тайная жизнь домашних животных 2».
Всем знакомый с первой части джек-рассел-терьер Макс вновь является главным героем мультфильма. После рождения ребёнка всё внимание Кэти направлено на него. К уходу за ребёнком подключили даже Макса, и постепенно ревность пса сменяется родительской опекой. Родители для здоровья малыша решают переехать в деревню недалеко от Манхэттена. Именно в этом моменте сюжет мультфильма разветвляется на три сюжета.

Макс приносит своей подруге Гиджет на сохранение свою любимую игрушку Жу-жу, которая вскоре окажется утеряна, попав в окно одной бабушки-кошатницы. Разрабатывается целая операция по спасению игрушки: Гиджет должна научиться кошачьим повадкам под руководством гималайского кота Реджинальда.
А рядом в квартире находится всем знакомый кролик Снежок, считающий себя супергероем (Капитаном Снежком) и его миссия: спасать попавших в беду. Снежок привлекает своих друзей в операцию по спасению амурского тигрёнка Ху из бродячего цирка.
После переезда в деревню Макс встречает совсем иной уклад жизни домашних животных. Деревенский пёс по имени Ковбой стоит во главе хозяйства и даёт множество советов городскому Максу.